2006年亚冠联赛，上海申花在小组赛中以31战胜了隆安FC，但在随后的比赛中以24的比分输给了隆安FC，最终未能进入淘汰赛在14决赛中，上海申花以42的比分战胜了全北现代汽车，但最终未能进入半决赛2007年亚冠联赛，上海申花在小组赛中以12的比分输给了悉尼FC，但在随后的比赛中以12的比分。

随着江苏苏宁历史性地击败广州恒大夺得2020年中超冠军，中超联赛落下了帷幕，紧随而来的就是亚冠联赛参加亚冠的四支中超球队恒大国安上港申花都已经确定了自己的行程，由于疫情的防控，国内没有直达多哈的飞机，因此四支球队都选择了包机出行申花和上港由于都在上海，所以选择同包一架飞机出行，国安。

北京时间2023年11月25日下午4点，2023中国足球协会杯决赛上演巅峰对决，超三万名球迷来到苏州奥林匹克体育中心见证这场鲁沪大战经过90分钟，上海申花10战胜山东泰山夺冠，赢得2023年足协杯冠军，并获得了明年亚冠精英联赛的资格上下半场比赛间隙，举行了“2023中国足协杯种子计划”捐赠仪式中国足协杯。

因为上海申花在资格赛中被淘汰出局，失去了参赛资格北京时间2月8日晚19点45分，2017年亚冠联赛资格赛第三轮在上海虹口体育场开始一场较量，由上海申花迎战布里斯班狮吼开场第2分钟，狮吼队的奥尔左路传中，博列洛门前凌空扫射得分第40分钟换成博列洛在右侧传球，奥尔中路射门扩大比分申花外援马丁斯全场。

足协杯申花2比3不敌上港，但还是捧起了足协杯冠军，因此，申花获得了一个亚冠正赛名额，他们甚至不用参加资格的而河北华夏幸福则哭了，本来，中超第四名的他们可以参加亚冠资格赛，现在，华夏幸福与亚冠正式无缘本赛季，河北华夏幸福在佩莱格里尼的率领下表现出色，中超赛季尾声，河北华夏幸福一直稳住。